Una segona institució ubicada a Madrid, l’Instituto Geominero de España (IGME), també emmagatzema una col·lecció amb alt contingut històric, i que en bona part és deguda a donacions particulars que es van produir durant el segle passat. La col·lecció del Montsec ubicada a l’IGME comprèn prop de cent fòssils, dels quals la majoria es refereixen a l’angiosperma Montsechia vidalii. La diversitat taxonòmica inclou també set exemplars d’insectes, deu peixos, tres decàpodes i un ocell d’un gènere indeterminat.
