Una segunda institución ubicada en Madrid, el Instituto Geominero de España (IGME), también almacena una colección con alto contenido histórico, y que en buena parte se debe a donaciones particulares que se produjeron durante el siglo pasado. La colección del Montsec ubicada en el IGME comprende cerca de cien fósiles, de los cuales la mayoría se refieren al angiosperma Montsechia vidalii . La diversidad taxonómica incluye también siete ejemplares de insectos, diez peces, tres decápodos y un pájaro de un género indeterminado.
