Una segunda institución ubicada en Madrid, el Instituto Geominero de España (IGME), también almacena una colección con alto contenido histórico, y que en gran parte es a debida a donaciones particulares que se produjeron durante el siglo pasado. La colección del Montsec ubicada en el IGME abarca cerca de cien fósiles, de las cuales la mayoría se refieren a la angiosperma Montsechia vidalii. La diversidad taxonómica incluye también siete ejemplares de insectos, diez peces, tres decápodos y un pájaro de género indeterminado.
